Zadania Pełnomocnika określa Zarządzenie nr 2444/2025 Prezydenta Miasta Krakowa z dnia 15 października 2025 r. w sprawie utworzenia oraz szczegółowego zakresu działania, uprawnień i obowiązków Pełnomocnika Prezydenta Miasta Krakowa ds. Współpracy ze Środowiskiem Naukowo-Akademickim.
Do zadań Pełnomocnika należy w szczególności: