Do zakresu działania Wydziału ds. Przedsiębiorczości i Innowacji należą sprawy związane z rewitalizacją, regeneracją targowisk, obsługą inwestora, ewidencją i obsługą przedsiębiorców, wspieraniem przedsiębiorczości, współpracą ze środowiskami naukowo-akademickimi oraz innowacyjnymi. Wydział pełni rolę Operatora Klastra Innowacji Społeczno-Gospodarczych Zabłocie 20.22. Wydział realizuje zadania związane z nadzorem nad spółką Centrum Giełdowym Balicka zgodnie z zakresem określonym w obowiązującym zarządzeniu Prezydenta w sprawie "Zasad nadzoru nad spółkami z wpływem Gminy Miejskiej Kraków". W strukturze Wydziału funkcjonuje Pełnomocnik Prezydenta ds. Współpracy ze Środowiskiem Naukowo-Akademickim podległy bezpośrednio Prezydentowi.
Szczegółowy zakres zadań wydziału określa Zarządzenie Nr 842/2026 Prezydenta Miasta Krakowa z dnia 21 kwietnia 2026 r. w sprawie podziału na wewnętrzne komórki organizacyjne oraz szczegółowego zakresu działania Wydziału ds. Przedsiębiorczości i Innowacji ze zmianami określonymi w Zarządzeniu Prezydenta Miasta Krakowa nr 1808/2026 z dnia 11 września 2026 r. zmieniającego i uchylającego niektóre zarządzenia Prezydenta Miasta Krakowa.