Do szczegółowego zakresu działania Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych należy: 1) zapewnienie przestrzegania przepisów o ochronie informacji niejawnych w Urzędzie Miasta Krakowa, miejskich jednostkach organizacyjnych i miejskich osobach prawnych, 2) prowadzenie spraw związanych z upoważnianiem pracowników Urzędu Miasta Krakowa, miejskich jednostek organizacyjnych i miejskich osób prawnych, do dostępu do informacji niejawnych stanowiących tajemnicę państwową oraz przygotowywanie projektów wniosków do Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego o przeprowadzenie poszerzonego lub specjalnego postępowania sprawdzającego, 3) przeprowadzanie - na polecenie Prezydenta - zwykłych postępowań sprawdzających wobec pracowników Urzędu Miasta Krakowa, miejskich jednostek organizacyjnych i miejskich osób prawnych oraz osób wykonujących prace zlecone, celem dopuszczenia ich do informacji stanowiących tajemnicę służbową, 4) wydawanie poświadczeń bezpieczeństwa uprawniających pracowników Urzędu Miasta Krakowa, miejskich jednostek organizacyjnych i miejskich osób prawnych oraz osoby wykonujące prace zlecone, do dostępu do tajemnicy służbowej, 5) prowadzenie szkolenia w zakresie ochrony informacji niejawnych, 6) opracowywanie i przedkładanie Prezydentowi do zatwierdzenia szczegółowych wymagań w zakresie ochrony informacji niejawnych zawierających tajemnicę służbową w Urzędzie Miasta Krakowa, miejskich jednostkach organizacyjnych oraz miejskich osobach prawnych, 7) opracowywanie planu postępowania z materiałami zawierającymi informacje niejawne stanowiące tajemnicę państwową w razie wprowadzenia stanu nadzwyczajnego, 8) przygotowywanie projektu wykazu stanowisk lub rodzajów prac zleconych, z którymi może łączyć się dostęp do informacji niejawnych, odrębnie dla każdej klauzuli tajności, 9) prowadzenie i aktualizacja wykazu stanowisk i prac zleconych oraz osób dopuszczonych do pracy lub służby na stanowiskach, z którymi wiąże się dostęp do informacji niejawnych, 10) kontrola przestrzegania przepisów prawa dotyczących ochrony tajemnicy służbowej w komórkach wewnętrznych Urzędu Miasta Krakowa, miejskich jednostek organizacyjnych i miejskich osób prawnych, 11) podejmowanie działań zmierzających do wyjaśnienia okoliczności naruszenia przepisów o ochronie informacji niejawnych oraz zawiadamianie o powyższym fakcie Prezydenta, a w przypadku naruszenia przepisów o ochronie informacji niejawnych, oznaczonych klauzulą "poufne" lub wyższą, na polecenie Prezydenta również właściwej służby ochrony państwa, 12) współpraca w zakresie realizacji zadań wynikających z ustawy o ochronie informacji niejawnych z właściwymi jednostkami i komórkami organizacyjnymi służb ochrony państwa oraz bieżące informowanie Prezydenta o przebiegu tej współpracy, 13) opracowywanie i aktualizacja planu ochrony fizycznej Urzędu Miasta Krakowa w zakresie dotyczącym informacji niejawnych, 14) ochrona systemu i sieci teleinformatycznych w przypadku przetwarzania w nich informacji niejawnych stanowiących tajemnicę państwową lub służbową, 15) opiniowanie interpelacji radnych Rady Miasta Krakowa oraz odpowiedzi na interpelacje w zakresie możliwości publikowania w Biuletynie Informacji Publicznej, 16)wydawanie decyzji o odmowie udostępnienia informacji publicznej oraz decyzji o umorzeniu postępowania w sprawie udostępniania informacji publicznej, 17) opiniowanie udostępniania informacji publicznych przez wydziały Urzędu Miasta Krakowa i miejskie jednostki organizacyjne, 18)wykonywanie innych zadań na polecenie Prezydenta.
Zadania określone w ust. 1 pkt 2, 3, 4, 5, 11, 12 i 16 Pełnomocnik realizuje osobiście i nie może ich zlecić lub powierzyć innemu pracownikowi.