Powołanie Porozumienia na rzecz rozwoju przedsiębiorczości w Krakowie zostało wskazane w Uchwale nr LXXX/681/01 Rady Miasta Krakowa z dnia 6 czerwca 2001 r. w sprawie przyjęcia Programu wspierania rozwoju przedsiębiorczości w zakresie małych i średnich przedsiębiorstw w Krakowie. Porozumienie powołano Uchwałą nr 921/2002 Zarządu Miasta Krakowa z dnia 27 czerwca 2002 w sprawie zawarcia Porozumienia na rzecz rozwoju przedsiębiorczości w Krakowie.