Kontrole zewnętrzne Gminy Miejskiej Kraków wykonywane są w szczególności przez:
1. Najwyższą Izbę Kontroli,
2. Regionalną Izbę Obrachunkową,
3. Urząd Kontroli Skarbowej,
4. Małopolski Urząd Wojewódzki,
5. Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego,
6. Państwową Inspekcję Pracy.
Kontrole zewnętrzne Gminy Miejskiej Kraków w 2019 r.:
| LP | Jednostka kontrolująca | Jednostka kontrolowana | Zakres kontroli | Wynik kontroli |
| 1 | Najwyższa Izba Kontroli | Urząd Miasta Krakowa | Wykonanie budżetu państwa w 2018. | WK-02.1710.2.2019 |
| 2 | Minister Inwestycji i Rozwoju | Zarząd Dróg Miasta Krakowa | Przygotowanie koncepcyjne dla przyszłych terenów inwestycyjnych w Krakowie Nowej Hucie – Etap I | WK-02.1710.3.2019 |
| 3 | Małopolski Urząd Wojewódzki | Zarząd Dróg Miasta Krakowa | Zarządzanie i gospodarowanie mieniem Skarbu Państwa przez jednostki samorządu terytorialnego | WK-02.1710.4.2019 |
| 4 | Małopolski Urząd Wojewódzki | Zarząd Budynków Komunalnych | Zamówienie publiczne na roboty budowlane, w ramach dotacji udzielonej z budżetu państwa, w zakresie remontu elewacji frontowej i wymiany stolarki okiennej w budynku przy ul. Stolarskiej 15 w Krakowie | WK-02.1710.12.2019 |
| 5 | Centrum Projektów Europejskich | Wydział ds. Turystyki | Realizacja projektu CE936 SlowFood | WK-02.1710.10.2019 |
| 6 | Najwyższa Izba Kontroli | Urząd Miasta Krakowa | Ochrona dziedzictwa kulturowego mniejszości narodowych | WK-02.1710.8.2019 |
| 7 | Komisja Rewizyjna Rady Miasta Krakowa | Urząd Miasta Krakowa | Realizacja zadań wybranych we wszystkich edycjach Budżetu Obywatelskiego (miejskiego i dzielnicowego) | WK-02.1710.5.2019 |
| 8 | Wojewódzka Inspekcja Geodezyjna i Kartograficzna | Wydział Geodezji UMK | Modernizacja ewidencji gruntów i budynków, proces cyfryzacji zbiorów państwowego zasobu geodezyjnego i kartograficznego | WK-02.1710.7.2019 |
| 9 | Najwyższa Izba Kontroli | Urząd Miasta Krakowa | Eliminowanie z ruchu drogowego pojazdów emitujących substancje szkodliwe | WK-02.1710.9.2019 |
| 10 | Małopolski Urząd Wojewódzki | Zarząd Zieleni Miejskiej | Zarządzanie i gospodarowanie mieniem Skarbu Państwa przez jednostki samorządu terytorialnego | WK-02.1710.11.2019 |
| 11 | Najwyższa Izba Kontroli | Urząd Miasta Krakowa | Wsparcie systemu elektromobilności | WK-02.1710.13.2019 |
| 12 | Najwyższa Izba Kontroli | Urząd Miasta Krakowa | Wdrożenie przez administrację publiczną regulacji dotyczących ochrony danych osobowych po wejściu w życie RODO | WK-02.1710.14.2019 |
| 13 | Małopolski Urząd Wojewódzki | Urząd Miasta Krakowa | Realizacja zadań z zakresu administracji rządowej wynikających z ustawy z dna 11 lutego 2016 r. o pomocy państwa w wychowaniu dzieci | WK-02.1710.15.2019 |
| 14 | Najwyższa Izba Kontroli | Urząd Miasta Krakowa | Centralizacja podatku VAT | WK-02.1710.16.2019 |
| 15 | Małopolski Urząd Wojewódzki | Urząd Miasta Krakowa | Wykorzystanie dotacji na realizację wybranych zadań zleconych z zakresu administracji rządowej | WK-02.1710.17.2019 |
| 16 | Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego | Miejskie Centrum Obsługi Oświaty | Modernizacja kształcenia zawodowego w Małopolsce II | WK-02.1710.18.2019 |
| 17 | Najwyższa Izba Kontroli | Urząd Miasta Krakowa | Działania na rzecz ograniczania odpadów z tworzyw sztucznych i ich skutecznego zagospodarowania w Polsce | WK-02.1710.19.2019 |