Na podstawie Uchwały Nr CIX/2871/18 Rady Miasta Krakowa z dnia 12 września 2018 r. w sprawie połączenia samorządowych instytucji kultury: Muzeum Historycznego Miasta Krakowa oraz Muzeum PRL-u (w organizacji), z dniem 1 marca 2019 r. rozpoczęła działalność nowa instytucja kultury o nazwie Muzeum Historyczne Miasta Krakowa. Muzeum może używać skróconej nazwy: Muzeum Krakowa oraz MHK. W dniu 28 lutego 2019 r. z Rejestru Instytucji Kultury, prowadzonego przez Gminę Miejską Kraków, zostały wykreślone: Muzeum Historyczne Miasta Krakowa oraz Muzeum PRL-u (w organizacji).