Ustawa z dnia 18 lipca 2001 r. Prawo wodne oraz ustawa z dnia 4 lutego 1994 r. Prawo geologiczne i górnicze regulują gospodarowanie wodami podziemnymi zgodnie z zasadami zrównoważonego rozwoju, a w szczególności określają zasady i warunki ustalenia, kształtowania i ochrony zasobów wód podziemnych oraz zasady korzystania z wód podziemnych. Instrumentem zarządzania zasobami wodnymi są pozwolenia wodnoprawne na pobór wód podziemnych oraz koncesje na wydobywanie wód podziemnych zaliczonych solanek, wód leczniczych i termalnych.
Wody podziemne:
Na obszarze miasta Krakowa wody podziemne występują w obrębie pięter wodonośnych: paleozoicznego i jurajskiego (spękane i skrasowiałe wapienie), kredowego (spękane margle i wapienie), trzeciorzędowego (piaskowce i piaski drobnoziarniste) oraz czwartorzędowego (piaski i żwiry). Dominującą rolę pod względem wodonośności odgrywają poziomy: jurajski, trzeciorzędowy piaszczysty (piaski bogucickie) i czwartorzędowy (plejstoceński).
Piętro jurajskie
Wody poziomu jurajskiego występują w różnych typach zbiorników utworzonych w spękanych, szczelinowatych i skrasowiałych wapieniach, pociętych systemem uskoków tworzących zręby i rowy tektoniczne, o utrudnionej lub wyraźnej więzi hydraulicznej. Strefę zasilania poziomu stanowi północny pas rozpatrywanego obszaru, gdzie poziom zwierciadła ciśnieniowego występuje na rzędnych 240-260 m npm. Strefę drenażu stanowią rowy i zręby jurajskie w centralnej i południowej części obszaru, gdzie zwierciadło wody stabilizuje się na rzędnych poniżej 220 m npm. W tej części obszaru wody jurajskie zasilają utwory czwartorzędowe i cieki powierzchniowe oraz poddawane są eksploatacji ( m.in. przez zdroje jurajskie). Strefa ta zbiega się z doliną Wisly.
Piętro trzeciorzędowe
W obrębie tego piętra wydziela się dwa główne poziomy wodonośne - neogeńskie:
Odrębny poziom paleogeński stanowią piaski wypełniające głębokie leje krasowe w wapieniach jury, z którymi związane są lecznicze wody siarczanowe „Matecznego” o składzie SO4-Cl-Na-Mg-Ca, H2S.
Piętro czwartorzędowe
Głównym poziomem wodonośnym piętra czwartorzędowego jest poziom plejstoceński, występujący w kompleksie żwirowo – piaszczystym pradoliny Wisły. Wody tego poziomu posiadają zwierciadło o charakterze swobodnym, tylko niekiedy występują pod ciśnieniem. Naturalną podstawę drenażu omawianego poziomu stanowi rzeka Wisła i jej dopływy, zwłaszcza w dolnych odcinkach: Rudawa, Białucha, Dłubnia, Potok Kościelnicki i Wilga. Czwartorzędowe utwory wodonośne zasilane są bezpośrednio przez opady, poprzez infiltrację wód powierzchniowych (Wisła i dopływy) oraz z utworów jurajskich.
Główne Zbiorniki Wód Podziemnych na obszarze Miasta Krakowa:
Wody podziemne zwykłe (słodkie), występują w obrębie jednostek hydrostratygraficznych tworząc użytkowe poziomy wód podziemnych (UPWP). Ich najbardziej zasobne fragmenty zostały zaliczone do głównych zbiorników wód podziemnych - GZWP.
Na obszarze Miasta Krakowa można wyróżnić fragmenty trzech głównych zbiorników wód podziemnych:
które nie są udokumentowane, a ich orientacyjny zasięg został wskazany w opracowaniu Kleczkowski A. S. i inni: „Mapa obszarów głównych zbiorników wód podziemnych (GZWP) w Polsce wymagających szczególnej ochrony, 1:500 000", AGH Kraków 1990,
Wody podziemne GZWP są generalnie dobrej jakości i mogą uzupełnić potrzeby Miasta. Wody poziomu czwartorzędowego ujmowane są dla potrzeb wodociągu miejskiego (ujęcie w Mistrzejowicach, składające się z trzech zespołów studni wierconych) oraz dla celów socjalno-bytowych Huty ArcelorMittal Poland S.A. (ujęcia tzw. „Pasa A” oraz „Pasa D”). Dla powyższych ujęć, decyzjami Wojewody Krakowskiego ustanowione zostały strefy ochronne, w których obowiązują ograniczenia, zakazy i nakazy wynikające wprost z ustawy Prawo wodne oraz z decyzji administracyjnych.
Wody podziemne stanowią również źródło awaryjnego systemu zaopatrzenia Krakowa.
W skład tego systemu wchodzą studnie, które czerpią wodę z czwartorzędowego piętra wodonośnego oraz nieliczne ujęcia trzeciorzędowe i jurajskie (w tym źródła: przy ul. Cechowej, Tetmajera, Olszanickiej i Wądół).
Ponadto, wody podziemne stanowią źródło zaopatrzenia dla mieszkańców na peryferiach Miasta, gdzie brak jest sieci wodociągowej, jak również dla niektórych zakładów zlokalizowanych na terenie Krakowa.
Na terenie Bieżanowa znajdują się ujęcia wody pitnej dla wodociągu w Wieliczce (ujęcia poziomu trzeciorzędowego z tzw. piasków bogucickich).
Wody podziemne na obszarze Miasta Krakowa są słabo izolowane od powierzchni terenu, a zatem mało odporne na przenikanie zanieczyszczeń. Zagrożenie determinowane jest przede wszystkim sposobem zagospodarowania przestrzennego oraz stanem środowiska przyrodniczego. Skuteczna ochrona jakości i zasobów wód podziemnych stanowi jedno z najważniejszych zadań i problemów uwzględnianych przy sporządzaniu miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego.