Zasady ochrony powietrza atmosferycznego oraz warunki wprowadzania substancji do powietrza, z uwzględnieniem wymagań zrównoważonego rozwoju, określa ustawa z dnia 27 kwietnia 2001 r. Prawo ochrony środowiska. Ponadto, ustawa z dnia 22.12.2004 r. o handlu uprawnieniami do emisji do powietrza gazów cieplarnianych i innych substancji określa zasady funkcjonowania systemu handlu uprawnieniami do emisji gazów cieplarnianych, którego celem jest ograniczenie tych emisji. Instrumentami zarządzania jakością powietrza atmosferycznego są, między innymi, pozwolenia na wprowadzanie gazów i pyłów do powietrza, zgłoszenia instalacji oraz program ochrony powietrza.
Na stan jakości powietrza w Krakowie mają wpływ warunki klimatyczne, wynikające z położenia Krakowa w inwersyjnej dolinie ze słabym przewietrzaniem i dużą wilgotnością, oraz emisje komunalne, komunikacyjne i przemysłowe. W mieście od wielu lat podejmowane są działania na rzecz poprawy jakości powietrza. Na terenie Krakowa zlokalizowane są trzy automatyczne stacje pomiarowe, na których Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska prowadzi ciągły monitoring stanu jakości powietrza. Wyniki pomiarów z tych stacji, zawierające aktualne dane oraz raporty dzienne, miesięczne i roczne, zamieszczane są na stronie internetowej WIOŚ.
Z uwagi na występujące przekroczenia wartości dopuszczalnych pyłu zawieszonego PM10 i dwutlenku azotu, w 2005 roku został opracowany przez Wojewodę Małopolskiego Program ochrony powietrza dla miasta Krakowa. Program ten był aktualizowany w roku 2009 i 2013. Obecnie obowiązuje program przyjęty Uchwałą Nr XLII/622/13 Sejmiku Województwa Małopolskiego z dnia 30 września 2013 r. w sprawie zmiany uchwały Nr XXXIX/612/09 z dnia 21 grudnia 2009 r. w sprawie „Programu ochrony powietrza dla województwa małopolskiego” zmienionej uchwałą Nr VI/70/11 z dnia 28 lutego 2011 r.