W roku 1995 r. Nagrody Naukowe im. Mikołaja Kopernika otrzymali:
- w dziedzinie astronomii: prof. Richard Wielebinski
- w dziedzinie geodezji: dr hab. Adam Łyszkowicz
- w dziedzinie geofizyki: prof. dr hab. Sławomir Gibowicz i prof. dr hab. Andrzej Kijko – nagroda zespołowa
- w dziedzinie geografii fizycznej: prof. dr hab. Stanisław Leszczycki
- w dziedzinie ekonomii: prof. dr hab. Stanisław Meducki
- w dziedzinie filozofii przyrody: prof. dr Teresa Grabińska
- w dziedzinie medycyny: prof. dr hab. Jerzy Vetulani i doc. dr hab. Lucyna Ankiewicz- Michaluk - nagroda zespołowa
- w dziedzinie obronnej sztuki wojskowej: prof. dr hab. inż. ach. Janusz Bogdanowski
W roku 2000 r. przyznano 7 Nagród Naukowych im. Mikołaja Kopernika:
- w dziedzinie astronomii: prof. Bohdan Paczyński
- w dziedzinie geodezji: czteroosobowy zespół: prof. dr hab. Andrzej Sas-Uhrynowski i dr Elżbieta Welker oraz dr Irina Diomina i dr Leonid Kasyanenko (Rosja) - nagroda zespołowa
- w dziedzinie geofizyki: prof. dr hab. Jerzy Jankowski i prof. dr Christian Sucksdorff (Finlandia) – nagroda zespołowa
- w dziedzinie ekonomii: prof. dr hab. Ewa Łętowska
- w dziedzinie filozofii przyrody: ks. prof. dr hab. Michał Heller
- w dziedzinie medycyny: doc. dr hab. Władysław Lasoń
- w dziedzinie prawa: dr Krzysztof Wojtyczek
W dniu 21 grudnia 2005 r. podczas uroczystej sesji Rady Miasta Krakowa Nagrody Naukowe im. Mikołaja Kopernika fundacji Miasta Krakowa nagrody otrzymali:
indywidualnie:
1. prof. dr hab. Aleksander Brzeziński – nagroda w dziedzinie geodezji za projekt badawczy „Model nutacji Ziemi niesztywnej”
2. prof. dr hab. Leszek Starkel – nagroda w dziedzinie geografii fizycznej za monografię PAN „Historia dolnej Wisły i jej dopływów w czasie ostatnich 20 tysięcy lat”
3. prof. Andrzej Wojtyna – nagroda w dziedzinie ekonomii za książkę „Szkice o polityce pieniężnej”
4. prof. dr hab. Mieczysław Markowski - nagroda w dziedzinie filozofii przyrody za zbiór prac z ostatnich pięciu lat w zakresie historii filozofii przyrody
5. doc. dr hab. Krzysztof Wędzony – nagroda w dziedzinie medycyny za cykl sześciu prac zatytułowany „Poszukiwanie nowych punktów uchwytu działania substancji łagodzących objawy schizofrenii”
6. dr Wojciech Jakimowicz – nagroda w dziedzinie prawa za monografię „Publiczne prawa podmiotowe”
zespołowo:
1. prof. dr hab. Andrzej J. Kus
2. mgr Grzegorz Hrynek
3. mgr Andrzej Kępa
4. mgr Eugeniusz Pazderski
5. dr hab. Marian Szymczak
6. dr Leszek P. Błaszkiewicz
nagroda w dziedzinie astronomii za pięć prac poświęconych źródłom promieniowania maserowego
W dniu 18 października 2010 r. podczas uroczystej sesji Rady Miasta Krakowa Nagrody Naukowe im. Mikołaja Kopernika fundacji Miasta Krakowa nagrody otrzymali:
1. W dziedzinie astronomii - Zespół astrofizyków z Centrum Astronomicznego Mikołaja Kopernika Polskiej Akademii Nauk w składzie:
- dr hab. Tomasz Bulik
- dr Jarosław Dyks
- prof. dr hab. Włodzimierz Kluźniak
- dr hab. Rafał Moderski
- prof. dr hab. Bronisław Rudak
- prof. dr hab. Marek Sikora
- prof. dr hab. Andrzej Zdziarski
za prace opublikowane w renomowanych czasopismach o światowym zasięgu, stanowiące istotny wkład w poszerzenie wiedzy o najbardziej energetycznych procesach astrofizycznych, i w pogłębienie światowej kooperacji naukowej w zakresie astrofizyki.
2. W dziedzinie astronomii - dr hab. Michał Kokowski, prof. nadzw. Instytutu Historii Nauki PAN, za dzieło „Różne oblicza Mikołaja Kopernika - spotkania z historią interpretacji" stanowiące twórcze podsumowanie badań nad teorią Wielkiego Astronoma o bogatym kontekście filozoficznym.
3. W dziedzinie filozofii przyrody - prof. dr hab. Andrzej Kajetan Wróblewski, za pionierskie w nauce polskiej, monumentalne i w pełni oryginalne dzieło „Historia fizyki od czasów najdawniejszych do współczesności"
4. W dziedzinie geofizyki - prof. dr hab. Zbigniew Fajklewicz, za wybitne i oryginalne dzieło „Grawimetria stosowana" stanowiące efekt własnych dokonań inżynieryjno-badawczych, o wielkich walorach poznawczych oraz dydaktycznych.
5. W dziedzinie medycyny - prof. dr hab. Barbara Przewłocka, za odkrycia w wyjaśnianiu mechanizmu bólu neuropatycznego, wyrażające się szeregiem publikacji w renomowanych czasopismach o światowym zasięgu, stanowiące istotny postęp w badaniach medycznych.
6. W dziedzinie prawa - prof. dr hab. Karol Weitz, za wybitne osiągnięcia badawcze w dziedzinie postępowania cywilnego, zwłaszcza międzynarodowego i europejskiego, udokumentowane szeregiem publikacji o istotnym znaczeniu dla interpretacji i stosowania norm prawnych.
W dniu 14 grudnia 2015 r. podczas uroczystej sesji Rady Miasta Krakowa Nagrody Naukowe im. Mikołaja Kopernika fundacji Miasta Krakowa nagrody otrzymali:
– w dziedzinie filozofii przyrody: dr Jarosław Wawrzycki
– w dziedzinie medycyny: prof. Janusz Skalski
– w dziedzinie medycyny: prof. Małgorzata Filip
– w dziedzinie astronomii: prof. Piotr Bizoń